Rethymnon, im 13. Jahrhundert wurde eine kleine Festungsstadt erbaut und somit der Hafen als Handelszentrum immer wichtiger. Am Ende des 16. Jahrhunderts brannten die Türken die halbe Stadt nieder. 1574 erbauten die Venezianer auf der felsigen Halbinsel über der Stadt, die große Festung Forteza. Nach vielen Revolutionen der Kretaner, wurden die Türken zum Rückzug gezwungen. Nach einer kurzen russischen Besetzung kam Rethymnon unter die Obhut der alliierten Mächte. Nach der Wiedervereinigung 1909 mit Griechenland und dem Friedenspakt von Lausanne 1923, in dem der Austausch der Einwohner bestimmt wurde, mussten die letzten Türken die Stadt verlassen.